信州新町化石博物館は、長野市信州新町(当時上水内郡水内村)出身の故西沢勇氏の化石コレクション約 6000点を昭和58年(1983)に町に寄贈していただいたことがきっかけとなり、平成5年(1993)12月に開館しました。世界53カ国から集められた化石コレクションは、三葉虫やアンモナイト、魚類、植物、貝類など様々な種類であることから、化石の図鑑のように見ていただく事ができます。
博物館の展示は、映像展示室のフォッシルラボと常設展示室のフォッシルワールドに分けられます。また、平成21年(2009)には化石博物館駐車場にディプロドクスの実物大復元模型が、フォッシルワールドにはクビナガリュウのレプリカが新たに加わり、展示が充実しました。
平成22年(2010)1月に信州新町は長野市に合併となり、信州新町化石博物館は長野市立博物館の分館として位置づけられています。
令和元年(2019)10月には、同年夏に開催したディプロドクスニューデザインコンテストによってディプロドクスの模型が新しく塗り替えられました。